presentación docking
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Docking
Química Computacional
Rony J. Letona
Docking:
(Inglés) Llevar un barco o botea un muelle o puerto.
¿Por qué se llama así?
•Llevar algo que flota por allí a un lugar donde se va a enganchar.
•Adjuntar, unir o conectar unapieza a otra.
•Hacer que algo encaje en otro algo.
Y eso del “docking” …,¿cómo se hace y para qué sirve?
¿Recuerdan sus días de niños?
Docking en Química Computacional
• Obtención de dos estructuras en 3D
• Hallar el mejor sitio en que pueden ligarse
• Hallar la mejor manera de ligarlos
• Dos clases de Docking
Por conveniencia, algunos términos
• Ligando: Estructura (generalmente pequeña) que se liga al sitio activo.
• Receptor: Estructura (usualmente una proteína) que contieneel sitio activo. También llamada macromolécula.
• Sitio activo: Arreglo de aminoacidos en el receptor queinteractúan físicamente con el ligando (usualmente a 6 Angstroms).
El Problema
• Representar
• Evaluar
• Buscar (Sampling)
Representación
• ¿Cualquier software que muestre 3D?
• La compu, ¿cómo lo ve?
• Programas para Docking
Evaluación
• Vibración
• Eléctrica
• Puentes de H
• Solvatación
• Torsión
Búsqueda (Sampling)
• Algoritmo de búsqueda global
• Algoritmo de búsqueda local
• Algoritmo híbrido
• Dinámica Molecular
AutoDock
• Gratis
• Tutoriales
• GUI (ADT)
AutoDock
• Preparación Macromolécula
• Preparación Ligando
• Preparación Grid
• Preparación Docking
• Corrida
• Análisis
Probemos … :o)
Bibliografía y Artículos Incluidos
• AutoDock. (n.d.). AutoDock. Recuperada Junio 13, 2011, de http://autodock.scripps.edu/
• Babu, N., Satheesh, P., Grandhi, D., & Rao, A. (2010). Comparative Study of LIGAND Docking. International
Journal of Computer Applications, 6(1), 36-39.
• Duan, L., Yang, J., & Slaughter, M. (2009). Caffeine inhibition of ionotropic glycine receptors. The Journal of
Physiology, 587(16), 4063-4075.
• Eubanks, L., Rogers, C., Beuscher, A., Koob, G., Olson, A., Dickerson, T., et al. (2008). A Molecular Link Between
the Active Component of Marijuana and Alzheimer's Disease Pathology. Molecular pharmaceutics, 3(6), 773-777.
• Huey, R., & Morris, G. (2008). Using AutoDock 4 with AutoDockTools: A Tutorial. La Jolla, California: The Scripps
Research Institute.
• Morris, G., Goodsell, D., Halliday, R., Huey, R., Hart, W., Belew, R., et al. (1998). Automated Docking Using a
Lamarckian Genetic Algorithm and an Empirical Binding Free Energy Function. Journal of Computational
Chemistry, 19(14), 1639-1662.
• Pyun, B., Choi, S., Kwon, Y., Lee, Y., Kim, T., Min, J., et al. (2008). Capsiate, a Nonpungent Capsaicin-Like
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• Teodoro, M., Phillips, G., & Kavraki, L. (2001). Molecular Docking: A Problem With Thousands Of Degrees Of
Freedom. IEEE International Conference on Robotics and Automation, 1, 960 - 965.
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