genetica super bueno

GENOTECAS

Curso 2011-12

CONCEPTO DE GENOTECA

Una genoteca es una colección de clones

conteniendo fragmentos de DNA

que comprenden la totalidad (o casi)

de las secuencias de ese genoma.

DIGESTION PARCIAL

Animación > construcción de genoteca

La baja eficiencia de transformación (10-4)limita el número de clones que se puedenobtener con vectores plasmídicos

La cantidad de DNA que se pude insertar es pequeña, máximo 15-20 Kb

Para obtener genotecas se emplean vectores virales

3.2 Gb 3.2x106 Kb ~ 2x105 clones

10-4

Vectores virales

Fago λ

El DNA de λ tiene extremos cohesivos

El DNA de λ tiene extremos cohesivos

formación de concatémeros

procesamiento de concatémeros

empaquetamiento

Sistema de empaquetamiento in vitro

Extracto dador de precabezas y colas

(mutante λA-)

+

Proteína A(terminasa)

+Concatémero

Figure 20-6 step 1

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 2

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 3

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 4

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 5

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 6

Cloning in phage λ

Figure 20-6 step 7

Cloning in phage λ

ln (1- P)ln (1- f)

Depende de la fracción media de genoma en cada clon (f)

Tamaño medio inserto en pbTamaño del genoma en pb

TAMAÑO DE UNA GENOTECA

Número de clones necesarios, N: Depende de P = probabilidad de que una secuencia determinada esté en un clon

f =

N =

En λ no se pueden clonar mas de ~20 Kb

Para tamaños mas grandes se emplean cósmidos

(Polylinker)

10-4

En un cósmido no se pueden clonar mas de 45 Kb

Para tamaños mas grandes se emplean BAC

Bacterial Artificial Chromosome

~300 Kb

En BAC no se pueden clonar mas de 300 Kb

Para tamaños mas grandes se emplean YAC

Yeast Artificial Chromosome

Animación > Clonación

Animación > Manipulation >Techniques >Transferring & storing > Storing DNA

TIPOS DE GENOTECAS

•Genotecas de DNA genómico

•Genotecas de cDNA (copiado de mRNA por transcriptasa inversa)

Obtención de unagenoteca de cDNA

Rastreo de genotecas

Hibridación sondas radiactivas

Paseo cromosómico

Código genético

2

4

2

4

2

4

1

1

22

2

2

22

2

3

2

2

Oligos diseñados en regiones de menor degeneración

2304 posibles secuencias