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Ejecución de Trabajos en Magerit

Santiago Muelas Pascual

Magerit

• Cluster de computación del Centro de Supercomputación y Visualización de Madrid (CeSViMa)

• Forma parte de la Red Española de Supercomputación

• Segunda máquina más potente de España

• 90 proyectos y 200 usuarios

Hardware• 1204 nodos

• 2704 CPUs

• Potencia de cálculo: 14 TFLOPS

• 192 Tb disco compartido

• Myrinet

• Latencia 3 micro-sg

• Ancho de banda: 2Gbps

Tipos de Nodos

• Interactivos o de login

• Habilitado acceso desde el exterior (SSH)

• Utilizados para compilar, enviar y monitorizar los trabajos

• No está permitido la ejecución de procesos de cómputo

• Cómputo

• Aislados del exterior

• Encargados de ejecutar los trabajos

Software

• SuSE LES 9

• General Parallel File System (GPFS)

• Load Leveler

• Aplicaciones de cálculo científico: ABINIT, AMBER, GAMESS, NAMD, NETCDF, SIESTA, ...

Sistemas de Ficheros

/gpfs/home trabajo y datos personales

/gpfs/projects datos compartidos por el grupo

/gpfs/scratch datos temporales

/gpfs/apps Aplicaciones y bibliotecas

Ejecución de Trabajos

• Pasos para poder ejecutar un trabajo:

• Conectarse a uno de los nodos interactivos (SSH)

• Preparar el ejecutable

• Preparar la definición de trabajo

• Enviar el trabajo al gestor de colas

Compilación con MPI

• Compilador XLC

• Wrappers que incluyen las opciones -I y -L adecuadas:

• mpicxx (C++)

• mpicc (C)

Load Leveler

• Gestor de trabajos

• Los trabajos pertenecen a una determinada clase (debug, small, medium, large,...)

• distintas prioridades

• Sistema de envejecimiento

Definición del Trabajo#!/bin/bash

#@ group = [project_id] #@ class = [class_name] #@ job_type = [parallel|serial] #@ initialdir = ~/Documents/program_dir #@ output = res_dir/program.$(schedd_hostname).$(jobid).$(stepid).out #@ error = res_dir/program.$(schedd_hostname).$(jobid).$(stepid).err #@ restart = no #@ requirements = (Feature == "mx") #@ total_tasks = number of tasks #@ blocking = unlimited #@ wall_clock_limit = hh:mm:ss #@ queue # Environment export MP_EUILIB=mx export OBJECT_MODE=64 export MP_RSH=ssh # Reserved nodes NPROCS=‘cat ${LL_MACHINE_LIST} | wc -l‘ # Run our program mpirun -np ${NPROCS} -machinefile ${LL_MACHINE_LIST} ./program

Mandatos Útiles

• llsubmit: envía un trabajo

• llclass -l: Muestra los límites de cada cola

• llcancel: cancela un trabajo encolado

• llq: muestra el estado de los trabajos

• llw: muestra la posición del primer trabajo del usuario que está en cola

Estados de un Trabajo

CA Canceled

C Completed

I Idle

NQ Not Queued

RM Removed

R Running

ST Starting

V Vacated

Errores Típicos

bad interpreter: No such file or directory Codificación errónea del retorno de carro

Trabajo termina con el estado vacated

expulsado por:1.motivos administrativos2. fallo en alguno de los nodos

No se escribe en el fichero de salida Sistema de buffering

bash: line 90: ulimit core file size No afecta al funcionamiento

Más Información

• Guía de usuario de Magerit. Centro de Supercomputación y Visualización de Madrid.http://www.cesvima.upm.es/media/docs/Magerit-GuiaUsuarios.pdf