cluster analisis ntsys jorge jue 28

Manual de NTSYSManual de NTSYSy análisis de taxonomía numéricay análisis de taxonomía numérica

Jorge NúñezJorge NúñezEditado por Daniel AndradeEditado por Daniel Andrade

Matriz de datos Matriz de datos y su conversión al formato NTSYSy su conversión al formato NTSYS

Datos (Score) en Microsoft ExcelDatos (Score) en Microsoft Excel

Grabar como Microsoft Excel 4.0 WorksheetGrabar como Microsoft Excel 4.0 Worksheet

Colocar los parametros de la matrizColocar los parametros de la matriz

Tipo de matrizTipo de matriz

Colocar los parametros de la matrizColocar los parametros de la matriz

150

mar

cado

res

150

mar

cado

res

Colocar los parametros de la matrizColocar los parametros de la matriz

128 entradas128 entradas

Grabar y cerrarGrabar y cerrar

Abrir el NTeditAbrir el NTedit

Importar el archivo excelImportar el archivo excel

SeleccionarSeleccionary abriry abrir

Matriz abiertaMatriz abierta

Guardar matrizGuardar matriz

Grabar como archivoGrabar como archivoNTSYSNTSYS

Nombrar el archivoNombrar el archivoy grabary grabar

Análisis de SimilitudAnálisis de Similitud

Abrir el programaAbrir el programaNTSYSNTSYS

Ingresar a SimQualIngresar a SimQual

Seleccionar Seleccionar la ventana “similarity”la ventana “similarity”

Ingresar Ingresar a “SimQual”a “SimQual”

Ingresar el archivo de datos“Click”“Click”

Ingresar el archivo de datos

Seleccionar el archivo Seleccionar el archivo y abriry abrir

Seleccionar el índice de similitudSeleccionar el índice de similitud

Nombrar el archivo de salidaNombrar el archivo de salida

“Click”“Click”

DICE archivo.NTSDICE archivo.NTS

Nombrar el archivo Nombrar el archivo y grabary grabar

SM archivo.NTSSM archivo.NTSJAC archivo.NTSJAC archivo.NTS

OperarOperar

“Click”“Click”

ReporteReporte

Análisis de AgrupamientoAnálisis de Agrupamiento

Ingresar a SAHNIngresar a SAHN

Seleccionar Seleccionar la ventana “Clustering”la ventana “Clustering”

Ingresar Ingresar a “SAHN”a “SAHN”

Ingresar el archivo de datosIngresar el archivo de datos

“Click”“Click”

Seleccionar el archivo Seleccionar el archivo y abriry abrir

Nombrar el archivo de salidaNombrar el archivo de salida

“Click”“Click”

Nombrar el archivo Nombrar el archivo y grabary grabar

NJ DICE archivo.NTSNJ DICE archivo.NTSUPGMA DICE archivo.NTSUPGMA DICE archivo.NTS

Seleccionar el método de agrupamientoSeleccionar el método de agrupamiento

Seleccione o no “Find” Seleccione o no “Find” para obtener los resultados de los empatespara obtener los resultados de los empates

Indique el número de resultados que desea obtenerIndique el número de resultados que desea obtenery operary operar

Indique elIndique elNumero de resultadosNumero de resultados“Click”“Click”

ReporteReporte

Obtención del DendogramaObtención del Dendograma

Ingresar a GraphicsIngresar a Graphics

Seleccionar Seleccionar la ventana “Grafics”la ventana “Grafics”

Ingresar Ingresar a “Tree plot”a “Tree plot”

Selección del archivoSelección del archivo

“Click”“Click”

Seleccionar el archivo Seleccionar el archivo y abriry abrir

OperarOperar

“Click”“Click”

ReporteReporte

El DendogramaEl Dendograma

Edición del DendogramaEdición del Dendograma

Abrir “Plot Options...”Abrir “Plot Options...”

“Titles”, “labels” y “lines”“Titles”, “labels” y “lines”

OTUs por pagina (cont...)OTUs por pagina (cont...)

OTUs por pagina (cont...)OTUs por pagina (cont...)

128 Solanum phureja150 alelos marcadores SSR

Coefficient0.43 0.58 0.72 0.86 1.00

703800 703812 703767 703278 701570 702287 705328 705812 705811 704208 705253 705314 706023 703508 705803 703545 705498 705438 705378 705299 703507 705269 705809 704060 701025 703587 706166 703596 703547 705262

El eje “x”El eje “x”

128 Solanum phureja150 alelos marcadores SSR

Coefficient0.43 0.58 0.72 0.86 1.00

703800 703812 703767 703278 701570 702287 705328 705812 705811 704208 705253 705314 706023 703508 705803 703545 705498 705438 705378 705299 703507 705269 705809 704060 701025 703587 706166 703596 703547 705262

Análisis CofenéticoAnálisis Cofenético

Ingresar a CophIngresar a Coph

Ingresar Ingresar a “Coph”a “Coph”

Seleccionar Seleccionar la ventana “Clustering”la ventana “Clustering”

Ingresar el archivo obtenido en el analisis de agrupamientoIngresar el archivo obtenido en el analisis de agrupamiento

“Click”“Click”

Seleccionar el archivo Seleccionar el archivo y abriry abrir

Nombrar el archivo de salidaNombrar el archivo de salida

“Click”“Click”

Nombrar el archivo Nombrar el archivo y grabary grabar

Coph NJ DICE archivo.NTSCoph NJ DICE archivo.NTSCoph UPGMA DICE archivo.NTSCoph UPGMA DICE archivo.NTS

OperarOperar

“Click”“Click”

ReporteReporte

Matriz cofenéticaMatriz cofenética

Correlación entre dos matricesCorrelación entre dos matrices

Ingresar a MxCompIngresar a MxComp

Seleccionar Seleccionar la ventana “graphics”la ventana “graphics”

Ingresar Ingresar a “MxComp”a “MxComp”

Ingresar el primer archivo de la matriz de similitud Ingresar el primer archivo de la matriz de similitud

“Click”“Click”

AbrirAbrirSeleccionar el archivo ySeleccionar el archivo y

Ingresar el segundo archivo de la matriz de similitud Ingresar el segundo archivo de la matriz de similitud

“Click”“Click”

AbrirAbrirSeleccionar el archivo ySeleccionar el archivo y

OperarOperar

“Click”“Click”

ReporteReporte

r = 0.87r = 0.87

LevelLevel InterpretationInterpretation

0.9 0.9 ≤≤ rr Muy buenaMuy buena

0.8 0.8 ≤≤ r < 0.9r < 0.9 BuenaBuena

0.7 0.7 ≤≤ r < 0.8r < 0.8 PobrePobre

r < 0.7r < 0.7 Muy pobreMuy pobre

Gráfico de la correlaciónGráfico de la correlación

Gracias!Gracias!