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CANDADOS DE VAN DER WAALS: ESTRUCTURA LOOP-N-LOCK DE LAS

PROTEINAS GLOBULARES

Giancarlo AlvarezAntonio Flores

29 de agosto 2008

• Se dan numerosos contactos entre las cadenas de la proteínas globulares.

• Las interacciones de van der Waals juegan un rol muy importante en la estabilidad de estos contactos intermoleculares.

• Se trabajo con el numero total de contactos entre átomo – átomo.

• Se calculo el numero total de contactos de un residuo dado frente al resto de átomos de la proteína globular.

• La distribución de los contactos no es uniforme.

Trefoil

Globulina

• Clusters Trefoil

• Clusters Globina

A B C D E F G H I J K L3-14 16-21 23-31 38-51 54-63 65-73 77-87 90-105 109-117 119-126 128-138 141-151

A B C D E F G H6-17 21-36 38-50 54-60 62-77 79-89 91-113 120-140

• Los candados de van der Waals son secciones donde existe una alta concentración de contactos átomo – átomo entre 2 clusters.

• Dichos candados pueden formar lo que se llama candados compuestos.

DIVERSOS EJEMPLOS DE LOCKS SIMPLES Y COMPUESTOS

• 8 FOLDS

αβ Sandwich fold (1aps)Aciltransferasa (98 aa)

Trefoil fold (1i1b)Interleucina 1beta (153 aa)

Lock Compuesto

Globin fold (1thb)Hb estado T (141 aa)

• Forma de “waist”

Inmunoglobulina fold (2rhe)Proteina de Bencen Jones (114 aa)

Up-down fold (256b)citocromo B562 (106 aa)

Jelly roll fold (2stv)Virus Necrosis tabaco (195 aa)

Doubly wound fold (4fxn)Flavodoxina (138 aa)

TIM Barrell fold (7tim)Triosa fosfato Isomerasa (248 aa)

The Van Der Walls Locks

• Un par de secciones cortas que interactuan en la cadena polipeptidica haciendo una alta concentracion de contactos atomo – atomo localmente