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Biofisicoquímica
Introducción a la Dinámica Molecular
INSTITUTO DE CIENCIAS DE LA SALUD UNIVERSIDAD NACIONAL ARTURO JAURETCHE
Av. Lope de Vega 106, Florencio Varela – Buenos Aires – Argentina
Dr. Eduardo Prieto edprieto@quimica.unlp.edu.ar Dr. Ariel Alvarezaariel@iflysib.unlp.edu.ar
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¿Que es la Dinámica Molecular Clásica?
• Mecánica Clásica (Newtoniana)
• Para cada átomo ƩF=M.a
• Resolver las ecuaciones de movimiento para un sistema de N partículas que interactúan entre sí, a una dada temperatura y presión.
• ¿Cómo interactúan? Las fuerzas se calculan a partir de potenciales de interacción.
• Campos de fuerza “efectivos”
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¿Que es un Campo de Fuerzas?
Un campo de fuerzas usualmente consta de tres partes:
• Un grupo ecuaciones o “formalismos funcionales”.• Parámetros para esos “formalismos funcionales”
que, usualmente, dependen del tipo de átomo.• Un grupo definido de “bloques” (moléculas,
monómeros, etc. – p.ej. aminoácidos).
V(V(rr)= V)= Venlacesenlaces((rr) + V) + Vángulosángulos((rr) + V) + Vdihedrosdihedros((rr) + V) + Vno-enlazantesno-enlazantes((rr) )
VVno-enlazantesno-enlazantes((rr) = V) = VCoulombCoulomb((rr) + V) + VLJLJ((rr) )
http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/pages/MD.Part2.html
http://csb.stanford.edu/levitt/sample/Slide11.jpg
http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/pages/MD.Part2.html
http://csb.stanford.edu/levitt/sample/Slide11.jpgImágenes
Las Interacciones en Dinámica Las Interacciones en Dinámica MolecularMolecular
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La elección del Campo de Fuerzas
La elección del campo de fuerzas es uno de los factores más importantes para realizar un estudio por DM
• Un buen Campo de Fuerzas requiere de Años de Trabajo de Mucha gente.
• ¡Todos los parámetros para todas las moléculas deben ser consistentes!
• La primer pregunta es ¿cual campo de fuerzas tiene parámetros para todos los átomos del sistema?
Cuando faltan parámetros:
• Buscarlos en literatura• Si no hay éxito, se deben construir (parametrización del
campo de fuerzas)
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Gráficamente…
Ver video IntroducingMD.avi
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Práctico del Hielo
• Esquema general– Parto de datos experimentales (ice.pdb)– Minimizo la energía (prueba “0” para el
campo de fuerzas – modelo)– “Calentamos” a 100K– Calentamos a 273K– Calentamos a 320K– Enfriamos a 273K– Finalmente… Analizamos!
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Ahora… la “Película”
Ver video Ver video Practico-hielo.aviPractico-hielo.avi
Esquema de una Dinámica Molecular
A) Datos de Entrada1.Coordenadas Iniciales (.gro)2.Topología de las moléculas (.top)3.Condiciones de la Simulación (.mdp)
B) Procesamiento Digital (Simulación propiamente dicha)Integrador de MD, EM, SD, Montecarlo, etc. (en nuestro caso son 2 pasos en lugar de uno solo *)
C) Datos de Salida1.Coordenadas: cuadros fijos y/o trayectorias (.trr, .xtc y .gro)2.Energías: Energías de interacción, Temp., Presión, Vol., etc. (.edr)
(*)MD, EM, SD: Molecular Dynamics, Energy Minimization, Stochastic Dynamics.El paso B) cuando se usa GROMACS consiste en ejecutar 1º grompp y luego mdrun.
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100K
13/03/1111
100K
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Densidad
13
273K
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273K
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Densidad
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320K
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320K
13/03/1118
320K
Densidad
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Water 273K
13/03/1120
Water 273K
13/03/1121
Water 273K
Densidad
0 1 2 3 40
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40
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g(r)
r/
Radial Distribution Function g(r)
0K
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0 1 2 3 40
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g(r)
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Radial Distribution Function g(r)
100K
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0 1 2 3 40
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r)
r/
Radial Distribution Function g(r)
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0 1 2 3 40.0
0.5
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2.5
3.0
3.5g(
r)
r/
Radial Distribution Function g(r)
320K
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0 1 2 3 40.0
0.5
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1.5
2.0
2.5
3.0
3.5g(
r)
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Radial Distribution Function g(r)
W-273K
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