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Recursos para el análisis de secuencias

The Biocatalog


Puntos a tratar: El análisis bioinformático

Recursos Bioinformáticos

NAR -> Bases de datos -> Web Servers

Catálogos de software

Scripts perl, Java. Módulos para el análisis de secuencias: BioPerl, BioJava,...

Paquetes de software

Plataformas de análisis GenBank, EMBL-EBI, INB BioMoby Proyectos creación estándares de interoperabilidad

Revistas y Sociedades de Bioinformática

Formación y asesoramiento en Bioinformática




El análisis bioinformático



Ejemplos de análisis bioinformático

•Análisis de asociación entre SNPs y enfermedades

•Búsqueda de dianas farmacológicas

•Interpretación de DNA microarrays

•Análisis epidemiológicos y filogenéticos

http://www.ebiointel.com/rainbow/_Rainbow/Pages/que_ofrecemos/pharmacogenomics.htm

http://www.ebiointel.com/rainbow/_Rainbow/Pages/que_ofrecemos/pharmacogenomics.htm

http://www.ebiointel.com/rainbow/_Rainbow/Pages/que_ofrecemos/DNAComp.htm

http://www.ebiointel.com/rainbow/_Rainbow/Pages/que_ofrecemos/InteraccionMolecular.html

http://www.ebiointel.com/rainbow/_Rainbow/Pages/que_ofrecemos/ViaInfeccion.htm


•Software informático/bioinformático•Informático: SO linux, Intérprete Perl•Bioinformático: Aplicación BLAST

•Internet

Las herramientas bioinformáticas



Bases de datos


Web Servers

http://nar.oupjournals.org/

http://nar.oupjournals.org/content/vol31/issue13/

http://nar.oxfordjournals.org/content/vol33/suppl_2/index.dtl

http://nar.oxfordjournals.org/content/vol34/suppl_1/


Directorios de Software en Biología molecular y genética

Biocatalog http://www.ebi.ac.uk/biocat/index.html

DBcat http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/

Software and Databases for Computational Biology on the Internet

http://www.cs.jhu.edu/~salzberg/appendixa.html


http://www.ebi.ac.uk/biocat/index.html







http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/
















Scripts y módulos de programación


Ejemplo módulo análisis perl: http://ebiointel.uab.es/curso/script/traductor.htm

Archivo secuencia

Ejemplo script perl: http://ebiointel.uab.es/curso/ejemploperl.txt

http://ebiointel.uab.es/curso/script/traductor.htm

http://ebiointel.uab.es/curso/sample_DNA.txt

http://ebiointel.uab.es/curso/ejemploperl.txt


Scripts y módulos de programación


Screen scraping


bioPerl http://www.bioperl.org/

bioJava.org, http://biojava.org/

biopython.org, http://biopython.org/

Biodas.org (distributed annotation system)

http://biodas.org/


OPEN BIOINFORMATICS PROJECTS

Otros proyectos: BioRuby, BioPipe, BioSQL OBDA (Open Biological Database Access ), BioMOBY (system for interoperability of biological data)OBO (Ontologías biológicas)

http://www.bioperl.org/



http://biojava.org/

http://biojava.org/

http://biojava.org/

http://biojava.org/

http://biojava.org/

http://biojava.org/

http://biopython.org/




http://biodas.org/

http://biodas.org/

http://biodas.org/

http://bioperl.org/HOWTOs/html/OBDA_Access.html

http://biomoby.org/overview.html

http://obo.sourceforge.net/



Bio* proyectos: tareas básicasBio* proyectos: tareas básicasBúsqueda de secuencias por similitud (varios tipos)

Búsqueda de motivos funcionalesSRS (‘Sequence Retrieval System’)Alineamiento múltiple de secuenciasMapas de restricciónPredicción de estructuras bi- y tri- dimensionalesTraducción y otros análisis de DNADiseño de primersAnálisis de ORFsBúsqueda de literaturaAnálisis filogenéticosAnálisis de proteínasEnsamblaje de secuenciasLocalización de expresiónMiscelánea


Paquetes comerciales de Software

GCG Wisconsin Package

http://www.accelrys.com/products/gcg_wisconsin_package/

DNASTAR http://www.dnastar.com/

Staden Package

http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/pubseq/















http://www.dnastar.com/












Plataformas de análisis


Clientes Capa de presentación Capa de objetos Fuentes

de datos

Arquitectura de una plataforma bioinformática


Plataformas de análisis

CELERA http://www.celera.com

Grandes plataformas públicas

EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/

NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Instituto Nacional de Bioinformática

http://www.inab.org/index.htm


EMBOSS http://www.emboss.org/ European Molecular Biology Open Software Suit

http://www.celera.com/

http://www.celera.com/

http://www.ebi.ac.uk/Tools/






http://www.ncbi.nlm.nih.gov/








http://www.emboss.org/







Ejemplo de una plataforma bioinformática: mampol

http://dpdb.uab.es/mampol/text_search.asp



ACCESO ACCESO INTEGRADOINTEGRADO

http://hgvbase.cgb.ki.se/

http://www.ncbi.nih.gov http://flybase.bio.indiana.edu

http://www.expasy.ch/sprot/

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

http://www.informatics.jax.org/

El sueño de la integración de la información biológicaEl sueño de la integración de la información biológica

http://hgvbase.cgb.ki.se/

http://www.ncbi.nih.gov/

http://flybase.bio.indiana.edu/

http://www.expasy.ch/sprot/

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

http://www.informatics.jax.org/


http://hgvbase.cgb.ki.se/intro.htm


•Internet y la interoperabilidad de datos

Evolución de Internet


Desarrollos de estándares en XML

Programación Java, C#, Visual

Basic, JScript, AJAX,..

Servicios de aplicaciones Web(Visual Studio.Net,Java JBoss, SAD,

BioMOBY)


CORBA: Life Science Research Group of the CORBA-oriented Object Management Group

Creación componentes intercambiables y estándares de interoperabilidad


Proyecto:

BioMoby: arquitectura para el descubrimiento distribuido de métodos y datos biológicos por medio de servicios web

http://industry.ebi.ac.uk/~corba/

http://www.biomoby.org/


Sociedades Bioinformáticas


The International Society for Computational Biology

http://www.iscb.org/bioinf.shtmlOtras sociedades

•EMBNet: European Molecular Biology Network •EMBL: European Molecular Biology Laboratory •EBI: European Bioinformatics Institute •NCBI National Center for Biotechnology Information •NCGR National Center for Genome Resources •Laboratory of Molecular Biology: Cambridge, UK •The Sanger Centre

http://www.embnet.org/

http://www.embl-heidelberg.de/

http://www.ebi.ac.uk/


http://www.ncgr.org/

http://www.iscb.org/

http://www.iscb.org/

http://www.iscb.org/bioinf.shtml


Revistas de Bioinformática o relacionadas


Bioinformatics The Official Journal of ISCB; Comparative and Functional Genomics (Wiley's Genomics web site)

Journal of Computational Biology Human Molecular Genetics Molecular Systems BiologyNucleic Acids Research

OMICS: A Journal of Integrative Biology Briefings in Bioinformatics and Briefings in Functional Genomics & Proteomics

Bioinform Newsletter Biotechnology Software & Internet Journal

BMC Bioinformatics Computers & Chemistry

GenomeBiology Genome Research

Henry Stewart Publications The Journal of Commercial Biotechnology

Human Genome News IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

Journal of Biomedical Informatics Journal of Molecular Biology

Journal of Molecular Modelling Nature Biotechnology

Nature Genetics Nature Structural Biology Nucleic Acids Research

Protein Engineering Protein Science

Proteins: Structure, Function, and Genetics Science

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/

http://www.wiley.co.uk/wileychi/genomics/cfg.html





http://www.wiley.co.uk/wileychi/genomics/

http://www.liebertpub.com/publication.aspx?pub_id=31








http://www3.oup.co.uk/jnls/list/hmg/scope/

http://www3.oup.co.uk/jnls/list/hmg/scope/

http://www.nature.com/msb/index.html




http://nar.oxfordjournals.org/
















http://www.ingentaconnect.com/content/hsp/bib



http://www.ingentaconnect.com/content/hsp/fgp








http://www.bioinform.com/



http://www.davincipress.com/




http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/

http://www.elsevier.com/locate/compchem



http://www.genomebiology.com/

http://www.genome.org/

http://www.genome.org/

http://www.henrystewart.com/journals/cb/









http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/publicat/hgn/hgn.html

http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/publicat/hgn/hgn.html

http://www.computer.org/tcbb/









http://www.academicpress.com/jbi







http://www.hbuk.co.uk/ap/journals/mb/





http://link.springer.de/link/service/journals/00894/index.htm





http://biotech.nature.com/



http://genetics.nature.com/



http://structbio.nature.com/





http://www.oup.co.uk/nar/





http://www.oup.co.uk/proeng/



http://www.prosci.org/



http://iscb.org/journals.shtm







http://www.sciencemag.org/


Bibliografía


Más libros sobre bioinformática

http://ebiointel.uab.es/curso/recursos.pdf

http://www.ebiointel.com/curso/recursos.pdf


Formación en Bioinformática


Proyecto EMBER (On line)

http://www.ember.man.ac.uk/

NCBI Education http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/

Nodo Formación INB

Training Node Instituto Nacional de Bioinformática (INB)





http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/






http://www.inab.org/training/






Servicios y asesoramiento en Bioinformática


BIOINFO-UAB:Plataforma de Recursos i Investigació en

Bioinformàtica de la UAB

BIOINFO-UAB:Plataforma de Recursos i Investigació en

Bioinformàtica de la UAB

Campus

Instituts Hospitalaris Adscrits

Fase 1

Estructura de la Plataforma

NodeHSCSP

Sant Pau

Node IHUVHVall d’Hebron

Node ISGTPCan Ruti

Node UABCampus UAB

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